Zbog velikog broja zahtjeva protiv Republike Hrvatske pred Europskim sudom za ljudska prava (ESLJP) radi neučinkovite istrage ratnih zločina, kao povrede proceduralnog aspekta prava na život i zabranu torture, Ustavni sud je 2015. godine promjenom svog Poslovnika omogućio da se ustavnom tužbom prigovor neučinkovite istrage podnese u skladu sa čl. 62. Ustavnog zakona o Ustavnom sudu. Poslovnikom (NN 2/2015) uvedena je nova alineja U–IIIBi – postupak u povodu ustavne tužbe i prije no što je iscrpljen pravni put zbog neprovođenja istrage (nedjelotvorna istraga) kaznenih djela vezanih uz članak 2. (pravo na život) i članak 3. (zabrana mučenja) Konvencije za zaštitu ljudskih prava i temeljnih sloboda.
Tako je Ustavni sud i ustavna tužba u 2015. godini postao zadnja stepenica prije obraćanja Europskom sudu za ljudska prava žrtvama ratnih zločina koji nisu dobili satisfakciju u kaznenom postupku.
U veljači 2022., Ustavni sud je odbio 3 ustavne tužbe srodnika ubijenih civila u ratu.
Dana 15. 2. 2022. Ustavni sud je odbio i odbacio ustavnu tužbu udovice Milenka Đape, čije je tijelo pronađeno na obali Save kod mjesta Lukovac, 27. 8. 1991., uzrok smrti prostrijelna rana u predjelu trbuha. Istraga ovog kaznenog djela počela je 1. 10. 1991., a tek 2006. je kazneno djelo dobilo kvalifikaciju ratnog zločina protiv civilnog stanovništva.
Isti dan, Ustavni sud je odbio i odbacio ustavnu tužbu sina ubijenih roditelja Dušana i Đuke Damjanović u Golubiću, dana 5. 8. 1995., za vrijeme VRA “Oluje”, kao i ustavnu tužbu udovice Kušić kojoj je ubijen suprug, 5. ili 6. 2. 1992. kod Siska. Tijela dva člana obitelji Kušić pronađena su s prostrijelnim ranama 6. 2. 1992. kod ceste Žirčica – Martinska Ves Desna u blizini Siska i u neposrednoj blizini rijeke Save.
Ustavni sud je u svim predmetima utvrdio da su ustavne tužbe podnesene prekasno te da su podnositelji trebali davno prije shvatiti da je istraga neučinkovita, kao i da ne postoje dokazi koji potkrjepljuju tvrdnje podnositelja zahtjeva o tome da nadležna državna tijela nisu provela odgovarajuću istragu odvođenja i smrti ili da su na neki način štitila osobe odgovorne za taj događaj. Prema sudskoj praksi Europskog suda za ljudska prava, podnositelj zahtjeva mora djelovati čim postane jasno da se neće provesti nikakva učinkovita istraga, drugim riječima čim postane razvidno da tužena država neće ispuniti svoju obvezu na temelju Konvencije.
Kao opravdanje neučinkovite istrage neposredno nakon usmrćenja civila za vrijeme VRA “Oluja” navodi se da su hrvatske vlasti bile suočene s velikim brojem smrtnih slučajeva civila i pripradnika oružanih snaga nakon operacije. Vlasti su morale pokopati ukupno 903 tijela. Nije bilo moguće odmah pokrenuti istrage o smrti svih pokojnika i odrediti tko je preminuo tijekom borbenih operacija, a čija je smrt bila rezultat kaznenih djela. Na temelju naloga Županijskog suda u Šibeniku od 18. travnja do 6. srpnja 2001. na gradskom groblju u Kninu izvršene su ekshumacije 298 posmrtnih ostataka.
ESLJP je također potvrdio da su tijela kaznenog progona do 31. prosinca 2012. pokrenula istrage protiv ukupno 3436 navodnih počinitelja i da je osuđeno 557 osoba.
Ipak od 13 sudaca u vijeću, troje sudaca, četvero u jednom predmetu, nije podržalo ovakve oduke već je dalo izdvojeno mišljenje. Tako za ubojstva civila u Sisku, u presudi u predmetu broj: K-Rz-3/2011 (okr. Vladimir Milanković i dr.) spominje se pronalazak devet tijela s prostrijelnim ranama u rijeci Savi, u razdoblju od 12 dana (23. 8. 1991 – 6. 9. 1991.) i na maloj prostornoj udaljenosti (niti pola sata vožnje), što pokazuje da su svi pojedinačni slučajevi trebali istraživati povezano i za direktne počinitelje, na samo za zapovjednu odgovornost. Ujedno, isti su utvrdili da neovisnost istrage ovisi od tijela koja sudjeluju u otkrivanju i procesuiranju zločina, ali i onih državnih tijela koja su im dužna na njihovo traženje podastrijeti sve dokaze kojima raspolažu (npr. Ministarstvo obrane) i to ne samo u smislu kako bi se ostvarila njihova funkcionalna neovisnost, nego jednako tako i još važnije, njihova neovisnost u praksi. Jedino tako istraga može biti djelotvorna i rezultirati otkrivanjem, pa onda i procesuiranjem počinitelja, a što je izostalo.
Analizom navedenih odluka Ustavnog suda sa žaljenjem zaključujemo da je stav Ustavnog suda da državne institucije u danim uvjetima nisu mogle učinkovito istraživati, a danas je izgleda prekasno, a direktne žrtve ratnih zločina ili srodnici ubijenih/nestali su morali cijelo to vrijeme inzistirati na istrazi, predlagati dokaze i daleko prije shvatiti da istraga nije učinkovita, da za nju nema političke volje, ni volje istražnih tijela jer često su predmet istrage kolege i poznanici. Nije zanemarivo naglasiti da ESLJP nije dobio podatke o pripadnosti navodnih počinitelja, kao i osuđenih počinitelja pojedinim vojnim/redarstvenim jedinicama, kako bi dobio podatka o objektivnosti pravosuđa do navedenog datuma.
U Hrvatskoj prvi kazneni postupci protiv pripadnika Hrvatske vojske kreću tek nakon 2001., ali broj takvih predmeta i danas je skroman. Tada započinje i reforma pravosuđa zbog pregovora s Europskom unijom, zbog čega dolazi i do višestrukih izmjena materijalnog i procesnog prava te transferiranja predmeta Međunarodnog kaznenog suda za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) na domaće pravosuđe.
Ustavni sud sagledavajući pravodobnost ustavne tužbe “cijepa” istragu na nekoliko djelova obilježenih skromnim aktivnostima državnog odvjetništva i policije. Odbijanje da je sagledaju kao cjelinu, dodatno je umanjilo mogućnost žrtava da dokažu postojanje propusta nadležnog tužitelja ili drugih tijela u istrazi u prikupljanju svih relevantnih dokaza. Izostalo je i uvažavanje položaja žrtve, njihov strah preživjelih kao izravne posljedice nasilja, narušeno mentalno zdravlja srodnika ubijenih, psihološke posljedice: šok, tuga, strah, zbunjenost/nesigurnost, bijes i ljutnja, sram, osjećaj krivnje, osjećaj gubitka kontrole, anksioznost (tjeskoba, uznemirenost), depresija (potištenost) i nepovjerenje.
Suđenja za ratne zločine i izrečene kazne donose jedan vid satisfakcije šaljući žrtvama poruku da zločini nisu zaboravljeni i to djelomično utječe i na povjerenje u pravosudni sistem, a što je u ovim predmetima izostalo, kao i satisfakcija pred Ustavnim sudom utvrđenjem povrede prava na potpunu i djelotvornu istragu u smislu člana 2. Europske konvencije.